يعتمد علاج عدم تحمل الطعام على نوع الطعام الذي لا تتحمله. في بعض الحالات، قد تحتاج إلى تجنب الطعام تمامًا. وفي حالات أخرى، قد تتمكن من تحمل كميات صغيرة من الطعام.